中国科学院南海海洋研究所信息服务中心正式成立于1999年2月。该中心在原图书馆、内部资料室、编辑部、网络中心、综合档案室五个部门的基础上，经过重组后现由图书馆、编辑部、网络信息工程部、数据中心四部分组成。

作为我所科研的重要支撑基础，信息中心的宗旨是为科学研究及其各有关管理部门提供各种所需的信息服务，南海所信息中心在研究所信息化建设中发挥了越来越重要的作用。目前图书馆已经实现全部业务计算机化管理，文献请求率达到99%以上；网络部已建立起覆盖全所的快速信息网络系统，用户超过700多户；《热带海洋学报》创刊于1982年，是由我所主办、科学出版社出版、国内外公开发行的海洋学综合学术刊物，是我国自然科学核心期刊之一报；信息中心自从2002年起承担国家、科学院和广东省有关海洋数据库研究与开发，2010年在我所的大力支持和推动下成立数据中心，正在建设的南海海洋数据共享系统已经形成由“南海海洋数据中心”、“南海海洋科学数据库（中国科学院信息化重大专项支持）”、“南海及其邻近海区科学数据数据共享平台（国家科技基础条件平台支持）”构成 “管理-储存-服务”三级结构的数据管理与共享服务的业务化运行体系，提供国家海洋研究急需的数据服务，根据用户权限实现7*24小时网上服务。